Directement rattaché au ministre de la Défense, le Contrôle général des armées a pour charge d’observer la bonne application des lois, des instructions et des règlements en matière de défense, ainsi que d’évaluer les résultats obtenus par rapport aux efforts engagés.

Le chef du Contrôle général rend compte auprès du ministre des rapports établis sous son autorité, en y joignant son avis. En dehors de sa fonction d’évaluation, le Contrôle général des armées doit aussi anticiper les besoins.

Pour mener à bien leurs missions, les contrôleurs généraux disposent de prérogatives accrues : ils peuvent pénétrer toutes les infrastructures du ministère, procéder à des contrôles inopinés et leur personnel militaire est indépendant des chefs militaires en place.

Héritiers des commissaires du roi pour les guerres et des commissaires pour la marine du XIVe siècle, les contrôleurs généraux tiennent bien plus des contrôleurs de Louis XIV. En effet, c’est sous l’administration de Colbert que cette charge est créée (1689) mais il faudra attendre près d’un siècle (1776), sous Louis XVI, pour que celle-ci soit indépendante de toute autorité.

Soucieux d’encadrer une armée qu’il voulait la plus puissante d’Europe, Napoléon densifie le maillage de contrôle, en instaurant, en 1800, les inspecteurs aux revues, corps dissout sous la Restauration pour être remplacé par l’intendance aux armées. Les intendants avaient ainsi pour charge le contrôle des soldes, des effectifs et de l’administration. 

Sous la IIIe République, chaque armée se voit dotée d’un contrôleur qui ne rend compte, désormais, qu’à son seul ministre : l’armée de terre est la première en 1882, puis ce sera au tour de la Marine en 1902, et enfin, plus tardivement, l’aéronavale, en 1933. L’unification du corps d’inspection a lieu en 1966 avec la création, deux ans plus tôt, d’un Contrôle général unique.

Indépendant de toute pression hiérarchique, le Contrôle général des armées a pour rôle premier de contrôler l’action militaire tout en en évaluant les besoins afin d’anticiper les enjeux stratégiques à venir. Il doit s’assurer du rapport entre les moyens engagés, la façon de les utiliser et les résultats obtenus. Soumis à la seule autorité du ministre de la Défense, le CGA réalise des audits (audit de régularité, audit d’opportunité, d’efficacité et de rentabilité) à partir de documents fournis par les divers corps d’armées, ou en se rendant sur les lieux de leurs affectations, aucun bâtiment ne lui étant interdit d’accès. Ainsi, les contrôleurs généraux permettent au ministre de donner une réelle cohérence à ses décisions au sein du ministère. Depuis le milieu des années 1990, le CGA a aussi les compétences pour évaluer les systèmes d’information et participe, depuis 2002, au Comité interministériel d’audit des programmes (CIAP) qui scrute la qualité des programmes budgétaires au regard des principes et prescriptions de la loi de finance. 

Outre ses compétences d’audit, le Contrôle général des armées a un droit de regard sur les contrats et les conventions passés par le ministère, et représente le ministre de la Défense auprès de la commission des marchés publics de l’Etat.

De même, le Contrôle général des armées s’acquitte de tâches diverses et spécialisées qui lui sont confiées en raison de son indépendance ou du large éventail de ses compétences en matière d’audit. Il doit ainsi, par exemple, dialoguer avec la 2^e chambre chargée de la Défense de la Cour des comptes lorsque celle-ci émet des observations sur les différents corps et services inspectés. Le CGA garde également un œil sur les entreprises privées titulaires en lien avec l’industrie d’armement : c’est parmi les contrôleurs généraux que sont choisis les commissaires du gouvernement en charge de ce type d’évaluation.

Par ailleurs, au sein du Contrôle a été créé un groupe d’inspecteurs spécialisés qui réalise dans les structures de la Défense, les tâches dévolues d’ordinaire à l’inspection du travail. Ces inspecteurs traitent également des questions liées à la protection de l’environnement.

Ainsi afin de réaliser ses missions, le Contrôle général des armées s’organise autour de quatre groupes ayant leur propre champ d’action :

• Les forces et leur soutien (FOS)
• La conception, la production et l’acquisition des armements, dévolues au Services et industries d’armement (SIA)
• Les fonctions transverses, qui reviennent à la section Personnel, règlementation et budget (PRB)
• Les inspections spécialisées (IS)

Ces quatre sections sont coordonnées par un Conseil, composé du chef du Contrôle, de son adjoint et des quatre contrôleurs généraux chefs de groupe. Ce Conseil doit, en particulier, donner une ligne directrice au CGA et décider des suites à donner aux évaluations de ses contrôleurs. 

Pour l’action « fonction de contrôle », le programme « Environnement et soutien de la politique de défense » a reçu 29 millions d’euros en 2011 qui recouvrent essentiellement les rémunérations et charges sociales du Contrôle général des armées.

Détenteur du seul véritable pouvoir de contrôle sur le secteur de la défense française, le CGA est de fait un acteur incontournable des affaires judiciaires impliquant le personnel militaire.

Ainsi, dans l’affaire de l’attentat de Karachi de 2002, un contrôleur général, Jean-Louis Pourchier, avait enquêté dès la fin des années 1990, sur les commissions perçues par des sociétés françaises mandatées par la DCN afin d’obtenir des marchés d’achat de matériels militaires (des sous-marins pour Islamabad) et dont l’arrêt serait à l’origine de l’acte terroriste. Pour ces rapports rédigés en 1997 et 1999, Jean-Louis Pourchier a dû témoigner devant une mission parlementaire dédiée à l’attentat, en décembre 2010.

Depuis 2007, et suite à l’application à toutes les administrations de la loi organique relative aux lois de finances (LOLF),  la Défense s’est mise au diapason des autres ministères afin de montrer la pleine transparence de ses exercices financiers, avec la création du comité ministériel d’audit comptable et financier (CMACF), lié au CGA. Pesant pour un cinquième des actifs de l’Etat, la Défense a longtemps peiné à donner satisfaction à la Cour des comptes qui l’avait rappelée à l’ordre à plusieurs reprises.

Ainsi, depuis sa mise en fonction, le CMACF s’est lancé dans de longues procédures de « fiabilisation » de ses données. Son Secrétariat permanent s’est vu ainsi épaulé par de nombreux auditeurs venus apporter leurs regards sur les comptes de la Défense. Néanmoins, le chantier est loin d’être achevé : la Cour des comptes, encore en 2010, pointait du doigt, entre autres griefs, « la faiblesse et inadaptation structurelle d’outils d’inventaire encore conçus à partir d’un simple tableur »