Tout juste âgé de 25 ans, ses premières fonctions dans la diplomatie sont exercées en Inde, d’août 1986 à septembre 1989, en tant que deuxième secrétaire tout d’abord, puis premier secrétaire à l’ambassade de France de New Delhi.

De retour à Paris en 1989, Jérôme Bonnafont travaille dans l’administration centrale du ministère des Affaires étrangères, chargé de mission à la direction des Affaires économiques et financières jusqu’en 1991.

Entre 1991 et 1995, il effectue plusieurs missions à l’étranger. Il est notamment conseiller à l’ambassade de France au Koweït entre mai 1991 et février 1993, puis accède à un poste très convoité en tant que premier secrétaire et deuxième conseiller à la mission permanente de la France auprès de l’Organisation des Nations Unies à New York. Il est chargé des opérations de maintien de la paix de février 1993 à  novembre 1995.

Puis c’est le retour en France où il travaille pour le gouvernement. Pendant un an, il est chargé de mission auprès du directeur des affaires juridiques au ministère des Affaires étrangères avant d’être nommé chef du service des affaires internationales à la direction générale de l'administration et du développement au ministère de l'Aménagement du territoire et de l'Environnement (octobre 1996-octobre 1997).

Progressivement, ses postes le rapprochent de l’Elysée. En octobre 1997, il est nommé chargé de mission à la présidence de la République jusqu’en février 2000, date à laquelle il devient conseiller technique toujours à la Présidence de la République puis porte-parole du président Jacques Chirac de 2004 à 2007.

Après une première expérience en Inde entre 1986 et 1989, il y retourne pour la deuxième fois de sa carrière pour exercer la mission d’ambassadeur de France à New Delhi de 2007 à 2011. Lorsqu’il inaugure la nouvelle usine de Schneider-Electric à Hyderabad en Inde, il ne manque pas de souligner les différences observées par rapport à sa première visite : « Et de façon encore plus personnelle, permettez-moi, Monsieur le Chief Minister et Monsieur le Ministre de l’Union, de vous dire comme je suis impressionné par les transformations qu’ont connues Hyderabad et l’Andhra Pradesh depuis ma dernière visite dans cet Etat, il y a 20 ans de cela. »

En 2009, interrogé par France Diplo TV sur un début de bilan en tant qu’ambassadeur de France en Inde, Jérôme Bonnafont retient un séjour « marqué par une densité exceptionnelle de relations politiques au sommet entre l’Inde et la France » et une « proximité entre les dirigeants de nos deux pays » qui se sont mutuellement reçus lors des fêtes nationales respectives.

En septembre 2011, après 4 ans passés en Inde, Jérôme Bonnafont réintègre le ministère des Affaires étrangères en tant que Directeur de cabinet d’Alain Juppé, alors ministre des Affaires étrangères et européennes sous la présidence de Nicolas Sarkozy. Il y restera jusqu’en mai 2012 lorsque François Hollande remporte la présidence de la République.

En juillet 2012, le magazine francophone en Israël JSS News croit détenir la vérité lorsqu’il divulgue les révélations d’une source qu’il considère «  d’excellente qualité du ministère français des Affaires étrangères ». Jérôme Bonnafont serait le successeur de Christophe Bigot au poste d’ambassadeur de France en Israël : « si tout se passe comme prévu, le nouvel ambassadeur de France à Tel-Aviv se nomme Jérôme Bonnafont. Il sera en poste peu de temps après la rentrée scolaire. » Sauf que Jérôme Bonnafont aurait refusé son poste à l’ambassade de France de Tel-Aviv, préférant « une grande ambassade d’Europe ».

Son vœu sera exaucé en novembre 2012. Il arrive à Madrid (Espagne) en tant qu’ambassadeur de France en remplacement de Bruno Delaye. Le 6 février 2013, il présente à sa Majesté le Roi Juan Carlos Ier ses lettres de créance lors d’une cérémonie au Palais Royal de Madrid.

Fanny Dassié