Troisième plus jeune douanier en chef de l’histoire, Jérôme Fournel est le fils d'un avocat lyonnais. Il a démarré sa carrière de haut fonctionnaire en 1995 à la direction du Budget. Durant cette période à Bercy, il a travaillé sur la mise en place du Réseau Ferré de France et à la création des taxes d’aéroport.

L’ancien énarque a ensuite rejoint le FMI sous la direction de Horst Köhler en 1999 en tant que consultant au département « fiscal affairs » (affaires fiscales).  Cette position lui permettra d’enchainer des missions au Congo, en Arménie, en Estonie, en Algérie, au Cap-Vert…

En 2002, il rentre en France et devient conseiller budgétaire dans le cabinet du ministre de l’éducation nationale, Luc Ferry. De 2004 à 2007, il prendra ensuite le rôle de conseiller budgétaire auprès des premiers ministres successifs Jean Pierre Raffarin et Dominique de Villepin.

En 2007, à 39 ans, il prend la tête de la Direction générale des douanes et des droits indirects.

Jerôme Fournel est également représentant d’état au conseil d’administration de l’Aéroport de Paris.